Arheološka nalazišta na području Črnomerca (Donja Kustošija) i susjedne Gradske četvrti Podsused-Vrapče (spilja Veternica) navode na zaključak o boravku ljudi na ovom prostoru već u kameno doba, prije više od 35.000 godina.
Više materijalnih ostataka nalazimo iz vremena Rimljana. Rimska cesta koja je spajala Medvednicu sa Savom, protezala se od Ilice preko Svetoga Duha, Kustošije i južnoga dijela Grmoščice na Donje Vrapče i Stenjevec.
Život na području Črnomerca, ali i na znatno širem prostoru, u srednjem je vijeku ponajprije vezan uz Medvedgrad, utvrdu na uzvisini jednog od istaknutih medvedničkih izdanaka, praktički na samoj granici današnjih gradskih četvrti Črnomerec i Podsljeme. Djelomično obnovljene ruševine Medvedgrada i danas su vidljive praktički iz svakog kuta grada Zagreba i njegove bliže okolice. Utvrdu je u razdoblju od 1248. do 1252. dao sagraditi zagrebački biskup Filip, sredstvima Zagrebačke biskupije, a prema nalogu Pape Inocenta IV. o gradnji obrambenih građevina radi sprečavanja prodora Turaka prema Papinskoj državi. Medvedgrad predstavlja iznimno vrijedan spomenik kulture i prošlosti. U njegovu sklopu ističu se impozantna romanička obrambena kula, jedinstvena romaničko-gotska kapela Sv. Filipa i Jakova, gotičke palače i zdenac bistre vode koji je omogućavao život u utvrdi. Napušten je nakon potresa 1590. Zbog skupog održavanja Medvedgrad je često mijenjao gospodare, od Kaptola do Biskupije i kralja. Moćni gospodari utvrde bili su strah i trepet podmedvedničkih sela, a sukobljavali su se i sa zagrebačkim građanima, što je August Šenoa opisao u "Zlatarevu zlatu".
 |
| Medvedgrad |
Črnomerec se spominje već u 13. i 14. stoljeću kao jedno od naselja gradečkih kmetova. U 17. stoljeću na tom se području spominju još neka gradska sela: Čukovići, Vrhovci, Jelenovec i Domjanići.
Na jugozapadu Gradske četvrti Črnomerec nalazi se zemlja Grmoščica što ju je plamić Petar u srednjem vijeku darovao Kaptolu. U starom opisu toga prostora spominje se blatni brijeg, a tu se i danas izrađuje opeka.
Godine 1819. selo Črnomerec ima 197 stanovnika, a 1878. taj se broj povećava na 725. Nekako u to vrijeme razvijaju se i novija naselja na području današnje gradske četvrti: Mikulići, Fraterščica, Bijenik, Novaki, Kustošija...
U Mikulićima je 1868. poduzetnička obitelj Pongratz sagradila, prema projektu uglednoga zagrebačkog graditelja Kleina, jedinstven ljetnikovac neoromaničke forme, danas najpoznatije obilježje toga prostora.
U drugoj polovici 19. stoljeća bitno se ubrzava gospodarski razvoj ovoga dijela grada Zagreba, posebice nakon gradnje željezničke pruge prema Zidanom Mostu (1862.) i Karlovcu (1865.), te ciglane u Ilici 157 (1870.) i Ilici 288 (1885.) Ubrzo je uslijedila gradnja većega broja proizvodnih pogona drvne, prehrambene, tekstilne, kemijske, metaloprerađivačke, duhanske i industrije papira. Tu su nikle i stasale neke od danas najpozatijih zagrebačkih tvrtki: Pliva, Franck, Zagrebačka pivovara, Kamensko, DTR... Bitan doprinos identitetu toga prostora dala je i gradnja bolnica i vojarni.
| Ljetnikovac obitelji Pongratz |
Do 1945. granica grada Zagreba bila je na potoku Kustošak pa je zapadni dio današnje četvrti Črnomerec tek tada postao sastavnim dijelom grada. Najveći dio prostora današnje četvrti u razdoblju od 1945. do 1952. nalazi se u granicama tadašnjeg VI. gradskog rajona Črnomerec. No, neki dijelovi Četvrti tih se godina tek postupno uključuju u Grad Zagreb. Tako Kustošija, koja je pripojena Gradu 1945., do 1947. ima status posebnog VII. gradskog rajona, a područja mjesnih narodnih odbora Bijenik i Mikulići ulaze u sastav Grada tek potkraj 1949. Nakon ukidanja gradskih rajona, 1952., glavnina područja Črnomerca nalazi se u granicama jedinstvenoga užeg gradskog upravnog područja u nadležnosti Narodnog odbora Grada, a za njegov je zapadni dio osnovana periferna gradska Općina Kustošija. Godine 1953. Črnomerec, još uvijek bez područja Kustošije, postaje jednom od osam općina užega gradskog područja. Od 1955. Kustošija je u sastavu tadašnje općine Susedgrad koja se 1962. pripaja Općini Črnomerec. Od 1967. Grad Zagreb, kao jedinstvena općina, obuhvaća, među ostalim, i cijeli Črnomerec. Područje današnje gradske četvrti od 1974. u cijelosti ponovo pripada Općini Črnomerec koja egzistira do 31. prosinca 1990.
Unutar prostora današnje četvrti do 1994. djelovalo je osam mjesnih zajednica: "Ban Keglević", "Bartol Kašić", Gornja Kustošija, Kustošija centar, Jelenovac, Medvedgrad, Sveti Duh i Šestinski dol-Vrhovec. U Gradsku četvrt Črnomerec uključen je i mali dio područja bivše Mjesne zajednice Vrapče – centar (desna strana ulice Matije Bakića).
U veljači 2009. na području Gradske četvrti Črnomerec osnovano je osam mjesnih odbora.
